1、首先确定您感兴趣的基因或基因集，并获取其在两个条件下的表达量数据。其次对于每个基因，在对照组和处理组中的表达量之间计算倍数差异。最后可通过计算表达量倍数之间的差异来确定表达量上调与下调的倍数差。
2、通常，将两个样品中的表达量相除，得到一个比值。将比值取对数，并计算其差异。这是为了使foldchange的值对数值较大和较小的表达量变化敏感，并且可以将foldchange的结果表示为倍数。通常，foldchange的值大于1表示上调，小于1表示下调。
3、言归正传，火山图是散点图的一种展现形式，一般来说，x轴为实验组基因表达量比上对照组基因表达量的倍数差异（logFC），而y轴则为实验组比对照组之后的p值或者校正后的p值【-log10（adj.p.value）】，图中一个点代表一个基因，而颜色则代表他们是显著上调还是显著下调。
4、根据查询个人图书馆显示。首先用贝叶斯估计给出一个估计值。最后使用估计值计算差异倍数。
5、基因上调logfc数值为正，下调数值为负。
6、fold change翻译过来就是倍数变化，假设A基因表达值为1，B表达值为3，那么B的表达就是A的3倍。
1、qPCR数据处理方法为△△Ct法原理 【△△Ct法原理】其特点是只依靠Ct值来计算结果，因此跑完qPCR之后的结果中除了Ct值外，其他数据几乎在后续分析和计算中是用不到的。但前提是目的基因和内参基因的扩增效率应基本一致。
2、qPCR作为一种DNA定量手段，一般情况下， 还可以分为 绝对定量 和 相对定量 。好的， 那么一般情况下， 我见过比较多的qPCR，都是以RNA相对定量为目的的，也是本文讨论的焦点。qPCR和PCR一看名字就知道很像， q 就是quantitative的意思，quantitative就是定量的意思。。
3、荧光定量PCR（qPCR）就是在PCR扩增过程中，通过荧光信号，对PCR进程进行实时检测。由于在PCR扩增的指数时期，模板的Ct值和该模板的起始拷贝数存在线性关系，所以成为定量的依据。由于常规的PCR的缺点，荧光定量PCR（ qPCR）由于其操作简便，灵敏度高，重复性好等优点发展非常迅速。
1、输入一个基因名称，NCBI登录号，或者Ensembl基因ID，点击基因报告（Gene Report），就能在突变摘要（Mutation Summary）中找到已发现的突变和拷贝数变化，以及迄今为止，这些突变在肿瘤中出现的频率。COSMICsection就在体细胞突变列表下方，包括了点突变，少量缺失，以及插入突变等方面的数据。
2、uniprot数据库里找到这个基因 页面里有表达相关的数据库链接 。
3、接下来是Cellosaurus，这个瑞士数据库收纳了超过10万种细胞系，包括STR位点和基因突变信息。以NK-92细胞为例，搜索结果清晰展示细胞编号、类型和种属等信息，还能链接到其他数据库以获取更全面的内容。DSMZ，德国国家菌种保藏中心，收藏种类丰富，包括近7万种产品，如细菌、真菌和细胞系等。
4、人类结构基因4个区域：①编码区，包括外显子与内含子；②前导区，位于编码区上游，相当于RNA5’末端非编码区（非翻译区）；③尾部区，位于RNA3’编码区下游，相当于末端非编码区（非翻译区）；④调控区，包括启动子和增强子等。
5、查询基因并下载相关数据 Step 1 直接在网站检索框输入检索内容，如“TP53”，输入完之后，就可以得到 TP53 这个基因在所有数据当中的情况。其中就包括这个基因在全基因组 CRISPR 当中的情况，基本的分析结构，基因突变和拷贝数变化情况等等。
6、GO和KEGG分析用于功能分析和基因注释。一般可在DAVID在线数据库中完成。GO分析包括细胞成分、分子功能和生物学过程。我们通常选择富集因子选择排名靠前的GO和KEGG注释情况。 PPI网络构建 为了检测基因之间的潜在关系，我们使用PPI网络分析。在string数据库中输入基因，然后用cytoscape软件进行可视化分析。
